所以，农民反抗斗争不断发生。
明代土司制度下广西各族人民的反抗斗争，就是各族人民同封建朝廷和地方土司之间的矛盾日益尖锐化的必然产物。
其中规模较大、影响较深的农民起义，有大藤峡起义、府江起义、古田起义、八寨起义等。
我们现在从广西土司制度的渊源与发展来看，“明代是广西土官制度的鼎盛时期，也是广西土官制度衰落的起点”。
明朝统一全国后，随着社会的发展，土司制度所固有的各种弊端日渐暴露出来。
土司官族内部和土司与土司之间，常因争夺袭位或土地而产生矛盾与斗争。
同时，由于土司制度具有浓厚的封建割据性，土司政权与中央政权之间也极易产生矛盾和冲突。
于是，封建统治者为了进一步巩固和加强封建中央集权统治，在对各种现实条件进行分析和对自身各种权益作了考量之后，决定对长期存在的壮族土司制度进行变革和实施改流。
“改土归流”因而也成为明代广西壮族土司制度的一项重要内容，所以不止是清朝，早在明朝就已经在推广这一制度了。
不过这却并没有那么容易，其中的争议相当之大，例如首先就是关于设土与设流的争议。
因为改土归流触及上至明朝廷各个阶级、阶层或集团的利益，下至壮族土司及壮族民众的利益，特别是涉及多民族国家的边防问题。
因此，在改土归流问题上，朝廷内外、朝野上下存在着思想认识上的不统一和认同上的较大差异。
于是，各方或主张设土，或主张设流，或主张流土兼治，意见纷呈，异议迭现，在改流进程中出现了思想交锋。
持“设土论”者，大多遵循传统的“以夷制夷”思想，鉴于壮族土司在稳固边疆防卫与维持地方社会秩序中具有一定作用，因而力主保留壮族土司的世袭统治地位。
他们当中以王守仁、林富、揭稽、姚镆等为代表，其中尤以王守仁的议论最具代表性。
嘉靖六年(1527)，任两广总督兼巡抚之职的王守仁，亲赴广西镇压思恩、田州苗民起义和黔江流域的大藤峡瑶民起义，平复地方，“以图久安”。
他从壮族土司防边作用的角度出发，以为“必须仍存土官”，反对思恩、田州等土属地方改流。
“夫流官设而夷民服，何苦而不设流官乎，夫惟流官一设而夷民因以骚乱，仁人君子亦安忍宁使斯民之骚乱，而必于流官之设者。土官去而夷民服，何苦而必土官乎，夫惟土官一去而夷民因以背叛，仁人君子亦安忍宁使斯民之背叛，而必于土官之去者。”
在这一思想的指导下，王守仁权衡利弊，认为非用土官不可，但亦应以流官知府加以控制。
持“设流论”者，多从“夷夏之防”、“以夏变夷”的观点出发，主张设置流官对壮族土司区进行直接统治。
他们以姜绾、萧东潭、苏濬、徐霞客等为代表。
据史书记载，弘治中，庆远知府姜绾，“总督刘大夏奇其材，荐为右江兵备副使。
思恩知府岑濬逐田州知府岑猛，绾献策总督潘蕃，蕃令与都指挥金堂合诸路兵大破贼，思恩平，绾条二府形势，请改设流官比中土，廷议从之”。
明代著名地理学家徐霞客也明显倾向于“设流论”，力主对闹事作乱的土司予以严惩，设立郡制，改土归流。
针对当时田州与归顺争夺镇安嗣位、归顺借交趾莫夷之兵出战的情况，他指出:“纠夷有辟，土司世绝，皆有当宪。
今龙英、镇安正当乘此机会，如昔时太平立郡故事，疆理其地。”
除上述情况外，时朝廷内外、朝野上下亦有部分官员鉴于广西民族地区的实际情况，游移于“设土”与“设流”之间，主张或土或流，当因地制宜。
针对这些争论，明朝廷有针对性的做出了回应，在一些矛盾较为突出的壮族土司统治区实施改土归流政策。
“明朝统治者既要考虑处理民族关系、实现‘以夷治夷’、‘以夷攻夷’的需要，又不能过多地放弃流官统治下地主阶级既得的政治、经济利益，于是采取了折衷办法:第一，大土司尽量少设，小土司可以多设;第二，不论设置大土司还是小土司，都要采取适当的措施，以防坐大。”
不过明代广西的改土归流并非一帆风顺，更非一蹴而就，而是经历了一个曲折而漫长、尖锐而复杂的斗争过程。
据统计，整个明代在今广西地区实行改土归流共16处。
但是在这期间出现了较大的反复性，不少原已改由流官治理的州县又重新恢复壮族土司的世袭统治，个别土州、县在土、流之间反复更替。
譬如，忻城县，元以土官莫保为八仙屯千户，洪武初设流官知县，弘治九年(1496年)复为土县。
南丹土州设置不久，土知州莫金因“以叛诛”，洪武二十八年(1395年)“废州置卫”，后因其地多瘴，“既而蛮民作乱，复置土官知州，以金子莫禄为之”。
上林长官司，成化年间改流后，弘治年间又复土，“正、嘉、隆、万间，朝贡犹时至”。
利州，自知州岑颜被泗城土官岑豹杀害，夺去州印后，“遂以流官判州事”达数十年，终于嘉靖二年“归并泗城”，以土官复辟而告终。
左州，改流后不久又恢复土官统治。
后因其土官子孙争袭，又实施第二次改土归流。
思恩府和田州府改流时，按常规另设知府、通判、推官、经历、知事各一员，并派兵防守。
但因思恩府土官王受联合田州土官卢苏进行反叛，迫使明廷出兵进剿，终以招抚之法平息此事。
随后，为进一步加强对该地区的管理，明廷遂于原田州、思恩地方增设了许多土巡检司，依然回复到往日“以夷治夷”的统治状态。
由此可见，明代广西的改土归流具有着较强反复性的显著特征。
明代广西改土归流出现较大的反复性，究其原因，是多方面因素造成的。
第一，明代广西改土归流之所以出现较大的反复性，是由于明代正值壮族土司制度的全盛时期，土司制度的发展尚处于上升阶段，总体上还能适应桂西少数民族地区社会经济发展的需要，少数民族人民也还能适应土司制度的统治，因而土司制度的存在仍然具有较大的合理性与必然性。
这一时期，就明朝廷而言，尚无足够的力量对桂西少数民族地区进行直接统治。
土司地区新生的地主经济还很脆弱，尚不足以压倒封建领主制经济和撼动壮族土司专制统治的根基，土司制度在一定程度上尚能适应其赖以存在的经济基础而正常发展。
在这种情况下，改土归流出现较大反复性是不难理解的。
第二，从明朝廷的角度来看，一方面，鉴于壮族土司制度日益暴露出的诸多弊端，为了达到对壮族地区进行直接管理与统治的目的，以实现其政治意义上的封建大一统格局，明朝廷势必要对壮族土司进行改流，废除土司的世袭统治。
另一方面，随着改流工作的不断推进，明朝廷也逐渐意识到了改流过程中的“事与愿违”，遂于改流问题上亦不可避免地产生了一定程度的动摇心理。
因为在当时具体的历史条件下，为了巩固封建统治，基于自身的统治利益需要考虑，明朝廷还必须依靠土司土兵的力量，以达其“以夷制夷”之政治目的。
因此，明朝廷主观上对土司土兵的倚重无疑成为明代广西改土归流出现反复性的重要原因。
第三，从壮族土司的角度来看，“改土归流”说到底就是要废除土官改设流官，剥夺土官的世袭特权和地位，改由流官对土司地区进行直接管理，这就在很大程度上触动了土官的根本利益，显然成了土官的致命伤，土官自然情非所愿。
因此，明代在广西的改土归流首先遭到了来自各级土官的不同程度的抵制与反抗，这是造成明代广西改土归流出现较大反复性的主要原因之一。
第四，从下层民众的角度来看，明代在广西地区的改土归流并不是自下而上进行，而是由明代统治者从其阶级利益出发，通过自上而下的方式，更多地是采取军事强制手段来进行，因而得不到各族人民群众的广泛拥护和支持，改土归流显然尚缺乏群众基础，因而改流的根基并不牢固，以致时改时停，或改了又复，或名改实存，或根本未改，意欲彻底改流，其难度之大可想而知。
由于明代正值广西壮族土司制度全面发展的全盛时期，土司制度总体上尚能适应广西少数民族地区社会经济发展的需要，少数民族人民尚能适应土司制度的统治，而明王朝又无足够之力对广西少数民族地区进行直接的统治，由此，以政治和军事力量作后盾而强制推行的改土归流政策，势必会在某些方面产生不良的社会效果和消极影响。
譬如，洪武初年，忻城土县废土设流，正统年间，瑶族人民纷纷起来反抗，流官无法统治，引起社会动乱，影响正常生产，弘治末年，明王朝被迫复流为土。
弘治十八年(1505年)，明廷平定岑接等土官叛乱之后，在田州改土归流，降知府岑猛为福建平海卫千户，田州由府降为州，以平乐知府谢湖掌州事。
结果遭致岑猛反对和土民不满，改流失败。
由此可见，不少土府、土州、土县改流后引发了不少社会问题，这对民族地区社会的发展有所不利。
同时，改土归流引起的社会动乱，对边疆的稳定与安全有所不利，正如嘉靖六年两广都御史姚镆所言:“流官之设，徒有虚名，反受实祸。思恩未设流官之前，土人岁出兵三千以听官府调遣。既设流官之后，官府岁发民兵数千人，以备土人之反复，流官之无益，断然可睹。况田州邻交趾，深山绝谷，悉瑶壮盘据，必仍设土官，期可藉其兵力以为屏蔽。若改土为流，则边鄙之患，自我当之，后必悔。”
由此可见，明代在广西推行的改土归流政策，是在条件尚未完全成熟的情况下进行的，因而改流很不彻底，具有很大的局限性。
然而，随着改土归流工作的逐渐推行，表明曾经盛极一时的广西壮族土司制度至此已开始走向下坡路。
当然，在明代特定历史条件下，改土归流的客观效果及其对土司地方日后历史发展产生的影响也是不容否认的。
改流后，由明朝廷委任的流官代替了世袭的土官，封建势力进一步深入桂西一带少数民族聚居地区，这对加强中央集权和巩固封建国家的统一无疑是十分有利的。
同时，改土归流在很大程度上增进了各民族间交往和融合，有利于广西少数民族地区社会经济的发展，推进了文化教育事业的发展，重要的是，为清代在广西实施大规模的改土归流积累了经验。
因此综上所述，土司制度是中国封建王朝治理少数民族的一种特殊政策，广西的土司制度在明代得到了完善和发展，达到了全盛，体现了明代中央顺应时势、因地制宜、因俗而治的治边思想。
总的来讲，在当时土司制度的实施是利大于弊的，土司制度中进步的、积极的因素，在一定程度上是能够推动当地经济社会和民族关系发展的，有利于国家的统一，维护了祖国边疆的相对稳定;但是，土司制度本身的缺陷也在一定程度上阻碍了当地政治、经济，社会的发展，并逐渐成为进一步加强中央集权和改革边疆地区经济社会发展的阻碍因素，因此，改土归流成为一种趋势，土司制度走向没落，所以到了后面的清政府才算彻底完成，并不是一触而就的。
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